中山眼科中心的历史渊源最早可追溯到1835年由美国传教士医师伯驾（Peter Parker）创办的眼科医局——中国最早的西医院。1953年，中山大学医学院和岭南大学医学院合并成立华南医学院，两个医学院的眼科合并为华南医学院眼科教研组；1954年，光华医学院眼科也并入华南医学院眼科教研组；1956年，随着华南医学院更名为广州医学院，眼科教研组更名为广州医学院眼科教研组；1957年，又更名为中山医学院眼科教研组。在此基础上，1965年10月，陈耀真教授、毛文书教授等创办成立了中山医学院眼科医院，这是第一间中国高等院校附属眼科医院。1983年6月，中山医学院中山眼科中心成立，下设眼科医院、眼科研究所、防盲治盲办公室，这是我国第一间集医疗、教学、科研、防盲治盲于一体的现代化多功能眼科中心。1985年，更名为中山医科大学中山眼科中心；1997年，中山医科大学眼科视光学系挂牌成立，中山眼科中心进一步发展成为所、院、办、系四位一体的眼科中心；2001年10月，随着中山大学与中山医科大学的强强合并，更名为中山大学中山眼科中心。